استقلال با وجود مشکلات فراوان، موفق شد لیگ برتر را در رتبه دوم تمام کند و تنها با اختلاف یک امتیاز قهرمان نشود.جواد نکونام در لیگ بیست‌وسوم سکان هدایت استقلال را برعهده گرفت و در حالی که هفته‌ها با این تیم در صدر جدول قرار داشت،درنهایت به رتبه دوم رضایت داد و نایب قهرمان شد.