دانه چیا به دلیل محتوای فیبر بالایش، می‌تواند تأثیرات متفاوتی بر دستگاه گوارش داشته باشد. برای برخی افراد، این فیبر می‌تواند یک مزیت بزرگ باشد و به بهبود هضم و جلوگیری از یبوست کمک کند. اما برای دیگران، مصرف دانه چیا ممکن است مشکلاتی مثل نفخ، یبوست یا حتی اسهال را به همراه داشته باشد.