با وجود تمام کارهایی که آنتی‌بیوتیک ها برای ما انجام داده‌ و می‌دهند، یکی از بزرگترین معایب استفاده از آنها این است که آنها به طور بی‌رویه هم باکتری‌های خوب و هم باکتری‌های بد را از بین می‌برند.