قابل ذکر است حجت الاسلام والمسلمین خلیلی در زمان ریاست مرحوم آیت الله یزدی نیز در قوه قضاییه به مدت ۱۰ سال در دفتر نظارت و پیگیری قوه قضاییه فعالیت و عملکرد موثری را بر عهده داشت.