با وجود درخشش در سپاهان، به نظر می‌رسد محمد دانشگر در آستانه بازگشت به استقلال است. جواد نکونام، سرمربی استقلال، به دنبال تقویت خط دفاعی تیمش است و دانشگر را یکی از گزینه‌های اصلی خود می‌داند.