درمان استاندارد کیست هیداتید جراحی است اما در مواردی که کیست‌های متعددی در ارگان‌های حیاتی وجود داشته باشد و یا بیمار از نظر جراحی در ریسک خطر بالا باشد، درمان‌های دارویی نظیر خانواده بنزیمیدازول‌ها (آلبندازول و مبندازول) و همین طور آمفوتریسین B و پرازیکوانتل جایگزین می‌شود.