یونایتدپرس اضافه کرده است هرچند که خلخالی یک همکار نزدیک آیت‌الله خمینی است و امور دادگاه‌های انقلاب را که منجر به صدور حکم اعدام شده است انجام می‌دهد، دولت دکتر بازرگان از پشتیبانی او به عنوان قاضی دادگاه انقلاب خوداری می‌ورزد. ابراهیم یزدی وزیر خارجه ماه گذشته گفت که ادعای خلخالی در مورد ریاست دادگاه‌های انقلاب نادرست است.