باستان‌شناسان و محققان دلیل مستحکم نبودن ستون‌ها را وجود خاک رس، شن و ماسه زیر مسجد عنوان کرده‌اند. گنبد تاج‌الملک هم در بخش شمالی مسجد دچار شکاف شده است. حالا گفته‌اند قرار است مترو از سی متری این مسجد رد شود.