تشکیلات فرقه رجوی در همه سال‌های حضور خود در کشور عراق به عنوان بازوی نظامی و امنیتی حزب بعث در سرکوب مخالفان عمل می‌کرد به نحوی که به گواه اسناد و مدارک تاریخی نقش پررنگی در سرکوب انتفاضه شعبانیه شیعیان عراق و هم چنین کُردکشی گسترده در شمال عراق ایفا کرد.