در مرحله نخست اجرای برنامه بلندمدت بنیاد ملی علم ایران به منظور حمایت از دانشگاه ها و مؤسسات پژوهشی مأموریت گرا در راستای حل مسائل استانی و ملی، 30 دانشگاه و پژوهشگاه با امضای توافق‌نامه‌های سه ساله با بنیاد مشمول دریافت حمایت‌های این برنامه شدند.