علم الهدی از «استعمار معرفتی»، «فاصله و گسیختگی علم و فرهنگ» و «نگاه احساسی به سنت» به عنوان سه مشکل مهم نهاد دانشگاه نام برد و گفت: پیدا کردن راه حل برای این سه مشکل، نیازمند مواجهه فعال با فرهنگ و تجدد و بخصوص لایه علم است و این مهم نمی‌تواند اتفاق بیفتد مگر با مراجعه به منابع قرآن و معصومین (ع).