صنعت پالایش از دیرباز برای تحلیلگران، صنعتی پرچالش بوده است. مواردی مانند عدم شفافیت نرخ و مبلغ در گزارش‌های ماهانه، تنوع محصولات، مشخص نبودن دقیق نوع گرید و کیفیت هر فرآورده، وابستگی شدید این صنعت به اخبار جهانی نفت و تنش‌های منطقه‌ای از جمله چالش‌های این صنعت است که علاوه بر همه این موارد باید به سایه‌ سنگین قیمت‌گذاری دستوری نیز اشاره کرد.