مدیریت الجزیره هرگونه دخالت دولت در سیاست‌های سردبیری این کانال را رد و پیشنهاد‌هایی را مبنی بر اینکه این شبکه به عنوان ابزار قطری عمل می‌کند، رد می‌کند. با وجود شفافیت اظهارات مدیرکل سابق، استفاده قطر از این کانال برای اهداف خود همچنان مورد بحث است. برخی از محققان با درک خنفر از استقلال الجزیره اشتراک نظر دارند؛ درحالی‌که برخی دیگر بر پوشش رویدادهای مهم توسط الجزیره و سیاست‌های دولت قطر تمرکز می‌کنند و معتقدند که الجزیره در خدمت منافع قطر است.