درک پروتکل‌های ایمنی اجرا شده در هنگام استفاده از دستگاه‌های اشعه ایکس برای بازرسی گمرکی اهمیت بالایی دارد. اسکن اشعه ایکس شامل استفاده از پرتوهای یونیزان برای ایجاد تصاویر دقیق از محتویات کانتینرها، وسایل نقلیه یا چمدان‌های حمل و نقل است. برای اطمینان از ایمنی پرسنل و اقلام بازرسی شده، اقدامات ایمنی سختگیرانه ضروری است. کشورهایی که از فناوری اشعه ایکس در رویه‌های گمرکی استفاده می‌کنند، از استانداردها و دستورالعمل‌های بین‌المللی سازمان‌هایی مانند آژانس بین‌المللی انرژی اتمی ‌(IAEA) و سازمان بهداشت جهانی (WHO) ، پیروی می‌کنند. این دستورالعمل‌ها بر محدودیت‌های دوز، تضمین کیفیت و نظارت مستمر برای کاهش خطرات بالقوه سلامت مرتبط با قرار گرفتن در معرض پرتوهای یونیزان تمرکز دارند. برنامه‌های آموزشی منظم برای افسران گمرک نیز برای اطمینان از درک و پایبندی آنها به پروتکل‌های ایمنی بسیار مهم است و در نتیجه خطرات موجود را به حداقل می‌رساند.