تعدد گمرکات، بخشنامه‌های متعدد که گمرک ملزم به اجرای آن است، 60متولی تجارت خارجی و حجم بالای قاچاق از مبادی رسمی مهم‌ترین چالش‌های دریچه تجارت خارجی کشور است. از سوی دیگر رسوب کالا و استقرار گمرک به‌منظور سامان‌دهی‌ مبادی‌ و اسکله‌های‌ غیرمجاز نیز این دستگاه اجرایی را با مشکلاتی مواجه ساخته است.