در حال حاضر سه مشکل اصلی و دو چالش خاص در صنعت شیرینی و شکلات وجود دارد که شامل محدودیت در انتقال ارز به کشور، رفع تعهد ارزی و اختلاف بین دلار نیمایی و آزاد می‌شود که البته این سه مورد تقریبا در تمامی صنایع مشترک است. به گزارش «دنیای اقتصاد» از چالش‌‌‌های خاص این صنعت نیز می‌توان به آزادسازی نرخ یارانه‌‌‌ها در بخش اقلامی مانند آرد، شکر و روغن و نیز افزایش ارزش افزوده شکر اشاره کرد که این دو موضوع، در نهایت خواب سرمایه این صنعت را بالا برده و تاثیر منفی بر فعالیت فعالان این عرصه گذاشته است.‌‌‌ در این میان به گفته فعالان صنعت شیرینی و شکلات، تمامی این موارد در کنار رشد صنعتی کشورهای اطراف، از بزرگ‌ترین تهدیدهایی است که در حال حاضر این صنعت با آن مواجه است و تبعات آن را می‌توان در بخش افت صادرات به طور محسوس مشاهده کرد، به طوری که در سال‌‌‌های اخیر آمار کاهش صادرات بیانگر حقانیت تاثیر موارد ذکر شده است.