سر‌رشته معضلات مالیاتـی شرکت‌های ریلی را که دنبـال کنیم، به نهادهای متنوع ذی‌ربط از شرکت راه‌آهن گرفته تا سـازمان امـور مالیاتی و مجلس شـورای اسلامی می‌‌‌رسـیم، امـا تنها متضرر ایـن معضلات، شرکت‌های بخش خصوصی ریلی هسـتند. بخشـنامه سـازمان امـور مالیاتـی معضلـی جـدی برای بخشـی از زنجیره تامین صنعـت ریلی بوده و ابلاغ رای هیات عمومـی دیوان عدالـت اداری، مبنی بر غیرقابل اسـترداد بـودن مبالغی کـه تامین‌کنندگان کالا یـا خدمات بابت تامین آن کالا یـا خدمـات عرضه‌شـده پرداخت کـرده بودند، از منظر اسـتفاده‌‌‌کنندگان خدمات و کالا تاثیری نداشـته و مشـکلاتی بـرای آنها ایجـاد نکـرده اسـت، چـرا کـه آنها همـواره معـاف از پرداخـت مالیات بوده‌‌‌انـد.