ایران ازابتدا در مورد پروژه زنگزور تردید داشت و نگران بود که مرز آن با ارمنستان مسدود شود. همچنین هزینه‌ای را که آذربایجان برای انتقال گاز به نخجوان از طریق خاک ایران می‌پردازد، از دست می‌دهد. حتی ترکیه نیز می‌تواند گاز ارزان‌تری از آذربایجان بخرد تا از ایران، که درآمد گازی از دست رفته می‌تواند بسیار زیاد باشد.