از جمله نظریات مسعود درخشان حمایت شدید او از ایده بانکداری اسلامی است. او از سیستم بانکداری کشور اینظور انتقاد کرده بود: «تاکنون هیچ یک از رؤسای بانک مرکزی، حذف عملیات ربوی از بانکداری را در اولویت کاری خود قرار نداده‌اند.» او مخالف شکل‌گیری هر نوع بانک خصوصی است و در جایی تاکید می‌کند که ربوی بودن، ذات بانک خصوصی است و حتی با نظارت و شفافیت در امور این بانک‌ها نیز نمی‌توان از ربوی بودن آن جلوگیری کرد. او طرفدار ادغام بانک‌های خصوصی شده بود.