«صندوق بیماری‌های خاص و صعب‌العلاج» بر اساس بند ن تبصره ۱۷ قانون بودجه سال ۱۴۰۱ با هدف بهبود محافظت‌های دارویی و مالی از بیماران خاص و صعب‌العلاج ایجاد شده است. تا پیش از این سال، محل تأمین منابع مالی مراقبت‌های مربوط به این بیماران پراکنده بوده است و از ردیف‌های بودجه‌ای مختلفی محقق می‌شد تا اینکه در سال ۱۴۰۱ صندوق بیماری‌های خاص و صعب العلاج و بر اساس قانون بودجه این سال تأسیس شد.