در بهمن ۱۳۶۱ و اردیبهشت ۱۳۶۲، حزب توده با دو برخورد سپاه پاسداران منحل اعلام شد و عمده اعضا اصلی آن نیز دستگیر شدند. بخشی از این افراد متعلق به نیرو‌هایی از این حزب بودند که در ارتش فعالیت می‌کردند. دادگاه نظامی نیز به ریاست آیت الله محمد محمدی ری شهری برای این افراد و برخی غیرنظامیان این حزب برگزار شد.