دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی با اشاره به فعالیت‌های در حوزه مبارزه با شبهات ادامه داد: در اوایل دهه ۸۰، مرکز مطالعات و پژوهش‌های حوزه علمیه قم را راه‌اندازی کردیم تا به شبهات پاسخ دهیم، از آیت‌الله مصباح نیز دعوت کردیم که در برخی از جلسات این مرکز حضور یابند، ایشان نیز موافقت کردند و جلسات پی در پی در مرکز حاضر شدند و با علاقه به شبهات پاسخ می‌دادند، بعد از اینکه جلسات تمام شد، مکرّر عنوان می‌کردند که حتما به همه شبهات پاسخ داده شود، گاهی ایده‌های جدید بیان می‌کردند، یکی از طرح‌های ایشان «طرح ولایت» بود. ایشان اوایل خودشان تدریس می‌کردند بعد شاگردان ایشان و بعدا شاگردان شاگردان ایشان تدریس می‌کردند.