پس از شهادت شهیدان رجایی و باهنر در اثر انفجار دفتر نخست وزیری، انتخابات ریاست جمهوری پس از یک ماه برگزار شد. در ۱۰ مهر ماه سال ۱۳۶۰ سومین دوره انتخابات ریاست‌‌جمهوری اسلامی ایران برگزار شد. در این انتخابات، حضرت آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای به مقام ریاست‌جمهوری رسیدند. در این انتخابات که مشارکت حدود ۷۵٪ بود و آیت‌الله خامنه ای ۹۵٪ آرا را به دست آوردند، رقمی که تاکنون بالاترین نسبت در تمامی انتخابات ریاست‌جمهوری ایران بوده است.