چون مقدار زیادی اسید در گوجه سبز وجود دارد، اگر بیش از حد مصرف شود، میزان اسید معده می تواند به طور منفی تغییر کند و ناتعادلی دراسید معده رخ دهد که منجربه نفخ و مشکلات دیگر گوارشی از قبیل سوزش معده و ریفلاکس آن خواهد شد.