چوی دونگ یی در یازدهمین سال سلطنت پادشاه هیون جونگ متولد شد. وی دختر چوی هیوون و بانو هنگ از نانیانگ بود. وی برادری بزرگتر به نام چو دانگ هو داشت که با بانو سانگ هئونگ ازدواج کرد و خواهری بزرگتر به نام سئو جون.