بسیاری از آلاینده‌های سمی که بر صخره‌های مرجانی تاثیر می‌گذارند، وجود دارند که از جمله آن‌ها می‌توان به نفت اشاره کرد که از جمله گسترده‌ترین آلاینده‌های جهان است، به‌طوری که حوادث نشت نفت در بسیاری از مناطق مرجانی رو به افزایش است. احتمال دارد آلودگی نفتی مستمر از طریق حوادث نشت نفت در حجم‌های کم و یا تخلیه عمدی نفت در دریا‌ها به وجود آید.