اکنون پلتفرم‌های فناوری جدید جمع آوری داده‌ها را کارآمدتر می‌کنند. به طور سنتی نظارت بر فاضلاب شامل کار ناخوشایند و خطرناک جمع‌آوری دستی نمونه بوده است، اما در کوئینزلند هر بخش فاضلاب در حال حاضر مجهز به نمونه بردار خودکار است که نمونه‌ها را هر ساعت در یک دوره ۲۴ ساعته جمع آوری می‌کند. سپس نمونه‌ها با یکدیگر ترکیب می‌شوند تا مخلوطی تولید کنند که می‌تواند با استفاده از آزمایش‌های PCR در امکانات ویژه آنالیز شود یک تکنیک مولکولی که می‌تواند برای شناسایی قطعات ژنتیکی استفاده شود. در ایالات متحده مرکز کنترل و پیشگیری از بیماری‌ها اکنون یک سیستم ملی نظارت بر فاضلاب را برای آزمایش منظم انواع پاتوژن‌ها از جمله آبله میمون اجرا می‌کند.