معافیت مالیاتی نوعی از حمایت معاونت علمی ریاست‌جمهوری از شرکت‌های دانش‌بنیان است که تا به امروز به این شرکت‌ها تعلق گرفته است؛ درآمد حاصل از فروش کالا‌ها و خدمات دانش‌بنیان سطح متوسط تا پیشرفته تا سقف ۱۰ میلیارد تومان معاف از مالیات هستند. با تغییر در ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان بخش جدیدی به قانون اضافه شد که به شرکت‌های دانش‌بنیان نوپا که در اوایل مسیر رشد و توسعه کسب و کار خود هستند، با اعطای معافیت مالیاتی، کمک ویژه‌تری می‌کند.