با وجود ارائه این توضیحات و تاکید مقام‌های وزارت بهداشت بر سالم و بی خطر بودن این نوع قلیان ها، هنوز، اما و اگر‌هایی درباره مصرف آن وجود دارد. برخی از کاربران این قلیان‌ها مدعی شده اند که پس از مصرف قلیان اکسیژن به خنده افتاده اند یا حالتی به آنان دست داده که عادی نبوده است؛ موضوعی که با نگرانی برخی پزشکان همراه شده است. ایرج خسرونیا، رئیس جامعه پزشکان متخصص داخلی ایران در این باره می‌گوید: «هر ترکیبی از مواد شیمیایی که از طریق سیگار، قلیان و حتی هوای آلوده وارد بدن می‌شود، ممکن است در آینده موجب سرطان یا سایر بیماری‌ها شود. معتقدم، وزارت بهداشت نباید به موضوع طرح مطالعاتی قلیان اکسیژن ورود داشته باشد.»