نوشیدن قهوه با معده خالی می‌تواند علائم رفلاکس اسید، درد قفسه سینه و مشکل در بلع را تشدید کند. همچنین گاهی اوقات سبب تحریک و آزار دیواره‌ی معده می‌شود؛ به خصوص زمانی که قبل از صبحانه مصرف شود.