گمانه زنی متعارف آن است که مقبره کلئوپاترا در کنار قصر او در منطقه‌ای از اسکندریه باستانی قرار دارد که اکنون در زیر دریای مدیترانه غوطه ور است. اگر این فرضیه درست باشد احتمالا مقبره او برای همیشه گمشده است. با این وجود، تعداد اندکی از محققان به تاپوسیریس مگنا محل معبدی اختصاص یافته به اوزیریس فرمانروای مصری قلمرو مردگان در مصر باستان در نزدیکی حومه غربی اسکندریه توجه کرده اند. از آنجایی که کلئوپاترا می‌خواست خود و مارک آنتونی معشوق رومی اش را با اوزیریس و آیسیس خواهر و همسر اوزیریس پیوند دهد برخی معتقدند که منطقی است که آن دو ممکن است در آنجا دفن شده باشند.