از جمله فعالیت‌ها و مسئولیت‌های حنیف‌نژاد عبارت است از مسئول کل تشکیلات نفاق در تبریز افسر بازجویی در مقر اشرف، عضو کادر مرکزی گروهک در سال ۱۳۵۸، مسئول خانه‌های تیمی در سال ۱۳۶۰ و عضو هیئت اجرایی تشکیلات نفاق.