قرار بود مدیر سازمان منطقه آزاد، عالی‌ترین مقام حکومتی منطقه باشد و قدرت زیادی در حل مشکلات داشته باشد، اما حقیقت این است که نهاد‌های دولتی هیچگاه راضی نشدند که مطابق قانون، اختیارات خود را به رئیس سازمان منطقه آزاد تفویض کنند و مشکل اجرایی را حل کنند. به همین دلیل نیز همواره در مناطق آزاد دوگانگی و تنش‌هایی بین این سازمان و نهاد‌های دولتی وجود دارد. به مثال جبل علی برمی گردیم، اگر به ساختار تصمیم گیری و اجرایی در جبل علی امارات مراجعه کنیم، می‌بینیم که فردی که به عنوان مسئول در آن جا تعیین شده، با حکمی ساده و اختیارات تام وارد میدان شده و در دورانی طولانی موفق شده مستقر شده و کار را پیش ببرد، اما در کشور ما، مدیران مناطق آزاد نه اختیار لازم را داشتند و نه سوابق مدیریتی را داشتند که بتوانند در دوره‌ای طولانی کار خود را پیش ببرند.