شایع‌ترین عوارض جانبی روغن ماهی سوء هاضمه و نفخ است. دریافت مکمل با پوشش ممکن است کمک کند. در عین حال مکمل‌های امگا ۳ (DHA/EPA) می‌توانند خونریزی را بیشتر کنند اگر شما یک وضعیت خونریزی دارید و یا در حال مصرف داروهایی که می‌توانند خونریزی را افزایش دهند، هستید قبل از استفاده از مکمل‌های امگا ۳ با پزشک مشورت کنید.