56 دانشگاه علوم پزشکی هم با توجه به اینکه همه آنها به بودجه دولت وابسته هستند، اعتبار قابل‌توجهی در لایحه برای آنها در نظر گرفته شده است. در این میان دانشگاه علوم پزشکی تهران با اعتبار 16 هزار و 268 میلیارد تومان در راس جدول بودجه 1403 قرار دارد.