داستان silent hill 3 ادامه‌ای مستقیم بر نسخه اول است. پس از آن‌که هری مِیسِن وارد شهر سایلنت هیل می‌شود و دختر خوانده خود، چِریل، را گم می‌کند در ادامه با دختری به نام آلِسا آشنا می‌شود و در آخر با شکست دادن ساموئل و بر هم زدن نقشه‌های شیطانی زنی به اسم داهلیا، دخترش