به نظر می‌رسد اسلام‌آباد معتقد است که با توجه به سابقه درگیری‌های گسترده فرقه‌ای در این کشور، از جمله چندین موج کشتار شیعیان و درگیری‌های متعاقب آن، سازماندهی شیعیان پاکستانی توسط ایران در قالب گروهی شبه‌نظامی می‌تواند باعث دامن زدن به فرقه‌گرایی در پاکستان و آسیب به امنیت ملی این کشور شود.