نام شمخانی در موضوع شکست مذاکرات برای احیای برجام در دولت سیزدهم نیز به چشم می‏خورد؛ اینگونه نقل است که در بهار سال ۱۴۰۱ و درحالی‏که توافق حتمی و حسین امیرعبداللهیان برای امضای آن آماده سفر به وین می‌‏شد، به ناگاه سفر لغو می‌‏شود چراکه در آخرین تصمیمی که در شورای عالی امنیت ملی و در نتیجه اتحاد نانوشته شمخانی و دشمن شماره یک برجام یعنی سعید جلیلی رقم می‏‌خورد.