از اواخر دهه۸۰ نیروی دریایی سپاه و ارتش یک تفکیک مأموریتی را برای خود لحاظ کرده بودند. سپاه پاسداران قرار شد حوزه مأموریتی خود را در حیطه خلیج فارس و تنگه هرمز قرار دهد و نیروی دریایی ارتش در حوزه آب‌های آزاد بین‌المللی حضور داشته باشد. اما به نظر می‌رسد سپاه حال حاضر مأموریت دیگری را عهده‌دار است.