هندوانه کمی اسیدی است و اگر در شب مصرف شود می‌تواند با ایجاد اختلال در دستگاه گوارش، باعث کند شدن روند هضم غذا در زمانی که فرد تحرک کافی ندارد شود. بهترین زمان برای خوردن هندوانه ساعت ۱۲ تا ۱۳ و زمانی است که دستگاه گوارش بیشترین فعالیت را دارد.