غار زکریا یکی از غارهای ارزشمند ایران به‌شمار می‌رود که از ظرفیت‌های پژوهشی، طبیعی و زیبایی‌شناسانه بالایی برخوردار است. با این وجود فعالان میراث‌فرهنگی استهبان می‌گویند با وجود تمام ظرفیت‌های موجود در این غار هیچ برنامه مشخص و مدونی برای حفاظت از غار زکریا وجود ندارد.