در شرایطی که مسئولان شهرداری تهران بر تکمیل هر دو فاز آزادراه شهید شوشتری تاکید دارند و می‌گویند که اجرای این پروژه منجر به کاهش ۱.۵ درصدی ترافیک پایتخت بخصوص در بخش شرقی آن خواهد شد، سازمان محیط‌زیست اگرچه به اجرای فاز اول پروژه مجوز داده، اما معتقد است که براساس مسیر پیشنهادی فعلی مدیریت شهری، اجرای فاز دوم آزادراه شهید شوشتری می‌تواند با آسیب دیدن درختان، تخریب پوشش گیاهی و تعرض به زیستگاه حیات وحش همراه باشد؛ زیرا به گفته آن‌ها، حدود نیمی از این فاز آزادراه از داخل پارک ملی سرخه‌حصار به عنوان یکی از مهمترین محدوده‌های محیط‌زیستی تحت حفاظت استان تهران عبور می‌کند.