محوطه‌های باستانی با مشکلات زیادی دست و پنجه نرم می‌کنند از دست‌اندازی دستگاه‌های اداری و اجرای پروژه‌های عمرانی گرفته تا ساخت و ساز و حفاری‌های غیرمجاز که بخش زیادی از محوطه‌ها را از بین برده است. سالیان سال است که در کشور تحت قالب پروژه‌های سدسازی، صدها محوطه باستانی بدون مطالعات کافی باستان‌شناختی به زیر آب رفته و برای همیشه از بین رفته‌اند.