پس از بازگشت امام خمینی به ایران و هم‌زمان با پیروزی انقلاب، حمید باکری نیز به ایران برگشت و با تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در سال ۱۳۵۸، به عضویت سپاه ارومیه درآمد و عضو شورای مرکزی آن‌جا شد. او هم‌زمان با فعالیت در سپاه ارومیه، در قالب گروه‌های جهادی به روستاهای استان می‌رفت و در بازسازی و محرومیت‌زدایی از آن‌ها تلاش فراوانی می‌کرد.