در مرحله نخست اجرای برنامه بلندمدت بنیاد ملی علم ایران به منظور حمایت از دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی مأموریت‌گرا در راستای حل مسائل استانی و ملی، ۳۰ دانشگاه و پژوهشگاه با امضای توافق‌نامه‌های سه ساله با بنیاد مشمول دریافت حمایت‌های این برنامه شدند.