با اوج‌گیری روند انقلاب اسلامی، محمد به صورت شبانه‌روزی درگیر هدایت و اجرای مسایل سیاسی نظامی نهضت انقلابی شد. به امر شهید مظلوم «دکتر بهشتی» و با نظارت «حاج عراقی» مسئولیت تشکیل و سرپرستی گروه حفاظت از رهبر کبیر انقلاب، به محمد محول شد. برای همین در روز ۱۲ بهمن ماه سال ۱۳۵۷، ‌ محمد به عنوان فرمانده گروه حفاظت از امام، ‌لباس روحانیت پوشید.