داستان فیلم سینمایی جاسوس من: شهر ابدی : جی جی، یک مامور کهنه کار سیا، برای جلوگیری از یک طرح فاجعه آمیز هسته ای با هدف واتیکان، که سفر گروه کر دبیرستان به ایتالیا را مختل می کند، دوباره با شاگرد خود سوفی متحد می شود.