دانه‌های هندوانه علی‌رغم اندازه کوچک، ارزش غذایی زیادی دارند، زیرا سرشار از مواد مغذی مانند منیزیم، آهن، روی و درصد بالایی از ویتامین‌های گروه B، اسیدهای آمینه و انواع چربی‌های مفید هستند.