محمدجواد ظریف در راس هرم این شورای راهبردی قرار گرفته است. یک پله پایین‌تر این شورای راهبردی، دبیرخانه شورای راهبردی قرار گرفته که وظیفه پردازش و انتقال داده‌های اطلاعاتی برآمده از نهادهای پایین دستی را به عهده دارد.