مسعود پزشکیان چهار فرزند داشت. سه پسر و یک دختر. یکی از پسران او در سانحه تصادف درگذشت و در حال حاضر ایشان یک دختر و دو پسر دارد. نام فرزندان مسعود پزشکیان زهرا، یوسف و مهدی است.